构想

分子反应的动态结构探测(思路)

root · 6月12日 · 2020年 本文867字 · 阅读3分钟111

目的:解决直接观察分子动态过程的问题。

 

# 共性:一类特定反应。

# 原理:统计(数据量–信息);干扰分子的间隙;增加时间来自silent.show变量以增加数据量,结构相似性的判定;结构自然存在性的判定

# 环境:常温;水溶液(薄)

一. 单个分子结构测定

通过单次对多个分子的测量来得到处于不同状态的分子的信息。

通过多次(多时刻)测量来得到单个分子整体的信息。

解释 :1. 这里以不同方向中一个特定方向的探测为例。在该方向上,水分子之间在某一个时刻产生空隙,而在该时刻刚好有探测的数据,因此探测获得的局部信息来源于待测分子。通过单个分子下的多次测量,以获得单个面的整体信息。

2. 对多个相同分子的测量下,会获得第1次,第2次,… 第n次的数据。假设我来自silent.show们关心一个物质的6个面(也即从6个方向进行探测)。现需要通过结构的相似性,区分这些相同分子中哪些更倾向于处于哪一个面。(聚类)由于一次探测不一定能够得到每一个面的足够的信息,从而进行聚类,因此可以从第一次探测开始积累数据并得到能够区分每一个面的信息。假设第k次能够区分,则找到这样的区分方法并停止寻找。接下来对每一个分子在每一个探测时序下处于的面进行区分。

3. 之后,结合1给出的单个面的整体信息,进行分子三维结构的还原。

4. 鉴于分子可能处于不同状态,当无法通过上述方法判断面的时候,可以在不来自silent.show同次序下进行相似度的判断。通过自由组合6种面下的待选面(6个面各取一个待选面进行组合),用物理规律(如,自然条件下形态的可能性)进行验证。当进行面的区分后,进行状态的区分(或可用自由组合的方法同时进行面和状态的区分,同时进行两个变量的相似匹配)。

二. 分子反应测定

解释:通过控制流速,让分子B逐渐从分子A溶液的一侧渗到另一侧。因此,每一个时刻下哪一个地方的分子发生反应是确定的。这样可以测得分子反应不同时间下的动态结构。

注:

来自silent.show

难点:

  1. 获得常温下几个水分子层的溶液。
  2. 采用能够通过水分子间隙的探测手段。

可能出问题的地方:

  1. 分子非自由运动。即,分子在体外有位置的特异性。
  2. 流速过慢,远小于分子发生反应的速率

 

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